刘元卿从小发奋读书，隆庆四年（1570年）在江西乡试中夺魁，后来在他人的推荐下，带着向朝廷的上书和文卷参加会试，但因“五策伤时，忏张居正”，未获取录，还险遭杀身之祸。隆庆六年（1572年）他创立复礼书院。万历二年（1574年）再次参加考试，又没有被取录，于是绝意功名，回到家乡，研究理学，收徒讲学。
万历七年（1579年）神宗诏毁书院，全国大多数书院被迫停办，而刘元卿把复礼书院改名为“五谷神祠”，仍聚众讲学如故。后来学禁解除，复礼书院又恢复原名，此后名声更大，“道日益隆，誉日益广”。复礼书院有严密的学规，且教育质量好，以致湖南、湖北等省的有志之士都不远千里来此求学，海内学者对刘元卿的学识非常钦佩，誉他为“泰山北斗”。刘元卿还创办了识仁、中道、一德等书院，至此，他与当时省内名流吴康斋、邓潜谷、章本清齐名，被人们称为“江右四君子”。
随着知名度扩大，不少官员多次上书朝廷，推荐刘元卿，称刘元卿为“负迈俗之志节，蕴济世之经纶”。皇帝非常重视，授他为“国子博士”、“阶承德郎”衔，特别下旨叫刘元卿去京城做官。但刘元卿悉心讲学，不肯去做官。后来皇帝又再次派员催他赴任，刘元卿再三推辞不掉，只好应召入京。不久，即升礼部主事。在朝三年，他提出了许多有利于封建王朝的举措，在《请举朝讲疏》、《节制贡吏疏》、《直陈御倭第一要务疏》中，阐述了自己的政治主张，对于革除弊政、安定边陲、抵御外侮都是非常有利的。可惜刘元卿的这些政治主张，得不到皇帝的采纳，于是他称病辞归，告老还乡。
村落事妖神，林木大如村。事来三十载，巫觋传子孙。
村中四时祭，杀尽鸡与豚。主人不堪命，积燎曾欲燔。
旋风天地转，急雨江河翻。采薪持斧者，弃斧纵横奔。
山深多掩映，仅免鲸鲵吞。主人集邻里，各各持酒樽。
庙中再三拜，愿得禾稼存。去年大巫死，小觋又妖言。
邑中神明宰，有意效西门。焚除计未决，伺者迭乘轩。
庙深荆棘厚，但见狐兔蹲。巫言小神变，可验牛马蕃。
邑吏齐进说，幸勿祸乡原。逾年计不定，县听良亦烦。
涉夏祭时至，因令修四垣。忧虞神愤恨，玉帛意弥敦。
我来神庙下，箫鼓正喧喧。因言遣妖术，灭绝由本根。
主人中罢舞，许我重叠论。蜉蝣生湿处，鸱鸮集黄昏。
主人邪心起，气焰日夜繁。狐狸得蹊径，潜穴主人园。
腥臊袭左右，然后托丘樊。岁深树成就，曲直可轮辕。
幽妖尽依倚，万怪之所屯。主人一心好，四面无篱藩。
命樵执斤斧，怪木宁遽髡。主人且倾听，再为谕清浑。
阿胶在末派，罔象游上源。灵药逡巡尽，黑波朝夕喷。
神龙厌流浊，先伐鼍与鼋。鼋鼍在龙穴，妖气常郁温。
主人恶淫祀，先去邪与惛。惛邪中人意，蛊祸蚀精魂。
德胜妖不作，势强威亦尊。计穷然后赛，后赛复何恩。
西施越溪女，出自苎萝山。
秀色掩今古，荷花羞玉颜。
浣纱弄碧水，自与清波闲。
皓齿信难开，沉吟碧云间。
勾践徵绝艳，扬蛾入吴关。
提携馆娃宫，杳渺讵可攀。
一破夫差国，千秋竟不还。
