永乐十七年，谪役房山期间，昌祺仿拟瞿佑《剪灯新话》创作了《剪灯馀话》，借以抒写胸臆。胡广、曾棨、李时勉等人都曾为此书作序跋。《剪灯馀话》4卷20篇（另附《还魂记》1篇），董氏诵芬室刻本。今整理本均为5卷22篇（增入《还魂记》、《至正妓人行》两篇），成书于永乐

十八年（1420），有永乐庚子夏自叙。其书大都取材于元末明初事，以婚姻爱情故事为主，又多幽冥灵异人物，作者以此表达他“善可法，恶可戒，表节义，砺风俗”之义。其中《长安夜行录》、《鸾鸾传》、《琼奴传》等篇，一方面揭露了封建权要、强暴势力以及封建礼教的罪恶，一方面赞扬了男女青年自由的爱情，但最后总给人物加上“节义”之名。《田洙遇薛涛联句记》、《江庙泥神记》是写人与鬼神相爱。其他如《青城舞剑录》，颂扬了隐居的侠士正直豪侠的气质；《泰山御史传》通过对阴间作官者的议论，抨击官场的黑暗；而《何思明游酆都录》写阴间地府事，以图对世人起到“惩恶扬善”之效。
《剪灯馀话》“缛丽丰蔚，文采烂然”（曾棨序），故事内容丰富，情节曲折，艺术性较高。如《芙蓉屏记》、《秋千会记》、《还魂记》等篇均被明末凌□初等人改为拟话本。惟作者自炫文才，作品中插入不少诗词，嫌累赘。 昌祺本人也写了序言，叙述了《剪灯余话》成书的原委。《余话》序云：“矧余两涉忧患，饱食之日少，且性不好博奕，非籍楮墨吟弄，则何以豁怀抱，宣郁闷乎？”又云“若余者，则负谴无聊，姑假此以自遣，初非平居有意为之，以取讥之大雅。”由于文艺在当时是文人雅士不屑为的，昌祺亦因此颇受讥议。他死后“议祭于社，乡人以此短之。”都穆《都公谈纂》也说：“景泰间，韩都宪雍巡抚江西，以庐陵乡贤祀学宫，昌祺独以作《余话》不得入，著述可不慎欤！”

李昌祺另著有《运甓漫稿》7卷。