乾隆四十六年（1781），凌廷堪自歙县由杭州回校浦，客居扬州，开始撰写《元遗山年谱》初稿，时与阮元相识，成莫逆之交。乾隆四十八年（1783）至京师，名公世卿、通儒雅士时在京中者悉爰重交纳，居京数月，名噪一时。经程晋芳推引，受业翁方纲之门，致力于经史之学。乾隆四十九年（1784）作客扬州，汪中与凌廷堪相见，辩论古今，深为折服。汪中赞扬说“今得君合十有七矣，”为人器重如此。乾隆五十一年（1786），孔广森、武亿相与订交，论学论文，志趣最洽。次年作客扬州，与秦恩复、刘台拱、焦循、李钟泗以及章实斋等有交往，是年撰《礼经释例》初稿。乾隆五十五年（1790）出朱珪之门，在此期间得识藏书家鲍廷博。嘉庆元年（1796）《元遗山年谱》成书。后应阮元之聘教授其子阮常生。凌廷堪所结交皆一时名士，朋友中与江藩交往最密，江藩在《汉学师承记》中为其撰写的传记也最详审、最富深情，文中结尾处不胜感慨地说：“嗟乎，君冷宦无家，白头乏嗣，虽死故乡，实同旅殡，亦生人之极哀也已！”读之令人泫然。凌廷堪所教学生中，阮常生、胡培翚、张其锦是其佼佼者。